有機物の無くなった土に化成肥料だけをやり続けると微生物は食べるものが無くなってほとんど絶滅してしまいます。
それまで微生物の餌になっていたような細菌やウイルスが作物を襲ってきたり、線虫の仲間は今まで作物の根と共存していたのに、餌となる腐植が無くなると共食いが始まり、挙句の果て宿主であり、唯一の有機物である作物の根に、新鮮な有機物でもある種の酵素を出して腐生化させる微生物がいて、新鮮な根を腐らせます。
そうすると人間はその場にいる線虫を悪者と決めつけ農薬を振りかけます。
こうして土の中の生命を全て殺して、悪循環を重ねていくのです。